最近在学习Jena Ontology API，由于参考资料不多，所以经常遇到问题无法解决。发这条贴子，跟大家讨论一下，希望高手能指点一二。

问题： 用protege建模，生成了一个owl Project（包含project文件和owl文件等），然后用Jena API来读取owl文件，并存入数据库。最后用Jena API的OntModel.listClasses把数据库里面的类读出来，不知道是不是因为本体库太大（有600多个concept），每次用Testcase测试的时候，都会报错：
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
 at com.mysql.jdbc.PreparedStatement.<init>(PreparedStatement.java:406)
 at com.mysql.jdbc.Connection.clientPrepareStatement(Connection.java:2186)
 at com.mysql.jdbc.Connection.prepareStatement(Connection.java:4766)
 at com.mysql.jdbc.Connection.prepareStatement(Connection.java:4671)
 at com.hp.hpl.jena.db.impl.SQLCache.doPrepareSQLStatement(SQLCache.java:289)
 at com.hp.hpl.jena.db.impl.SQLCache.getPreparedSQLStatement(SQLCache.java:271)
 at com.hp.hpl.jena.db.impl.SQLCache.getPreparedSQLStatement(SQLCache.java:318)
 at com.hp.hpl.jena.db.impl.PSet_TripleStore_RDB.find(PSet_TripleStore_RDB.java:843)
 at com.hp.hpl.jena.db.impl.SpecializedGraph_TripleStore.find(SpecializedGraph_TripleStore.java:141)
 at com.hp.hpl.jena.db.GraphRDB.graphBaseFind(GraphRDB.java:431)
 at com.hp.hpl.jena.graph.impl.GraphBase.find(GraphBase.java:224)
 at com.hp.hpl.jena.graph.compose.MultiUnion.graphBaseFind(MultiUnion.java:171)
 at com.hp.hpl.jena.graph.impl.GraphBase.find(GraphBase.java:224)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.FGraph.find(FGraph.java:42)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.FGraph.findWithContinuation(FGraph.java:61)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.FinderUtil$Cascade.find(FinderUtil.java:89)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.FBRuleInfGraph.findDataMatches(FBRuleInfGraph.java:209)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.impl.TopLevelTripleMatchFrame.<init>(TopLevelTripleMatchFrame.java:40)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.impl.LPInterpreter.<init>(LPInterpreter.java:133)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.impl.LPInterpreter.<init>(LPInterpreter.java:93)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.impl.LPBRuleEngine.generatorFor(LPBRuleEngine.java:266)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.impl.ConsumerChoicePointFrame.init(ConsumerChoicePointFrame.java:71)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.impl.ConsumerChoicePointFrame.<init>(ConsumerChoicePointFrame.java:60)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.impl.LPInterpreter.setupTabledCall(LPInterpreter.java:671)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.impl.LPInterpreter.run(LPInterpreter.java:565)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.impl.LPInterpreter.next(LPInterpreter.java:187)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.impl.Generator.pump(Generator.java:239)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.impl.Generator.pump(Generator.java:226)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.impl.LPBRuleEngine.pump(LPBRuleEngine.java:305)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.impl.LPTopGoalIterator.moveForward(LPTopGoalIterator.java:79)
 at com.hp.hpl.jena.reasoner.rulesys.impl.LPTopGoalIterator.next(LPTopGoalIterator.java:186)
 at com.hp.hpl.jena.util.iterator.WrappedIterator.next(WrappedIterator.java:68)

如果我不是读取用protege建立的owl文件，而是用Jena example里面的test1.owl，就没有问题。不知道有没有人遇到过类似的问题，如果有，请指教一下。谢谢。

难道直接从owl文件读取的OntModel处理推理速度会更快？

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刚刚我提的错误已经解决，原因估计是频繁操作数据库导致内存中有大量的废弃对象，垃圾回收大量占用系统CPU。（好像是这样，超过98%就会报错，具体可以去查查有关垃圾收集机制）解决方法是：将jvm的参数修改一下 -xmx512m。但是虽然最终还是可以绿色通过，但是总耗时5分钟左右。

是的，我以前也是遇到同样的情况，CPU满负荷运行过30分钟还没有完成，实在不得不放弃，处理的OWL大概几万triple的样子

我使用的都是Jena提供的推理器。

推理器有三种 RDFS_INF  TRANS_INF  RULE_INF (当然还有一种就是没有推理器啦)

实验结果是用TRANS_INF的速度是最快的。

对OntModel的listSubClasses()这个方法而言的。

在文件读取OWL数据，TRANS_INF的推理器的设置下OntModel m = ModelFacotry.createOntModel(OntModelSpec.OWL_DL_MEM_TRANS_INF)
时间是1106ms。

文件里大约有600多个概念。还有100左右的子类声明。

有人用过Racer的推理机吗？如果用Racer,会不会比Jena自带的rule推理机还慢啊。。。

最后唉叹一下，这语义网搜索的速度也太慢了吧。。。。。